Некомпетентность сотрудников
Не сотрудник авиакомпании, но отвечу.
1) На стойке регистрации в Пулково сотрудников S7 нет. Там работают служащие аэропорта.
2) Общее правило всех АК в мире. Если билет аннулируется, то аннулируются полностью все сегменты, не важно два их или двадцать, не важно "туда" они или "обратно".
И совет на будущее: если вы совершаете какое-то нетандартное действие не ленитесь почитайте правила или напишите в компанию. Сейчас у многих АК есть службы поддержки в соц. сетях. Тогда вы получите письменный ответ сос ссылками на источник и никогда не попадете в такую ситуацию.